Esta Unidad tendrá la función específica de dirigir y coordinar todas las actividades propias del Convenio Internacional de 1965 así como sus enmiendas suscrito por los países integrantes de la Organización Marítima Internacional (OMI) conocido como Convenio FAL.
Los participantes público-privado de acuerdo al Convenio y el Reglamento de Recepción y Despacho Oficial de los Buques en los Puertos de la República de Honduras son la Dirección General de la Marina Mercante, Aduanas de Honduras, Instituto Nacional de Migración, Organismo Internacional Regional de Sanidad Agropecuaria (OIRSA) y la Secretaría de Salud junto con los agentes navieros.